MySQL 5.5.x における文字コード設定に関する仕様をまとめておきます。 MySQL 5.5.x では 5.1.x 以前のバージョンと少々仕様に変更がありましたので、注意が必要です。
バージョン間の文字コード設定仕様の違いをまとめると、下表のようになります。my.cnf の[mysqld]グループの文字コード設定オプションだけが変更になったというのが結論です。
/etc/my.cnf のグループ 5.5.x での文字コード設定オプション 5.1.x 以前での文字コード設定オプション [mysqld]グループ character-set-server default-character-set [mysqld_safe]グループ default-character-set default-character-set [mysqldump]グループ default-character-set default-character-set [mysql]グループ default-character-set default-character-set